Como Estruturar um Projeto em .NET

Abra o visual Studio e selecione a opção:

Escolha a opção "Solução em Branco" e avance

Nessa parte, selecione a pasta e o nome da sua solução.
Meu exemplo vai ser livraria-agosto

eu costumo usar esse padrão, pois já cria o nome da pasta do jeito que costumo usar.

Se não quiser usar o nome da solução nesse padrão, você pode definir outro nome ou mudar o nome da solução para o que desejar depois de criar o projeto.

Agora clique com botão direito em cima da solução e vá até adicionar -> novo projeto e selecione API ou qualquer outro tipo que desejar

Dentro do seu projeto onde se encontra a solução, crie uma pasta src pra você colocar todos os seus projetos, sejam eles apis ou class libraries.

A solução e pastas ficarão  assim

A partir daí existem varias formas de organizar seu projeto, mas duas bem básicas são separando todos os controllers juntos e assim segue para services, models e etc. ou separando por funcionalidade, exemplo: uma entidade cliente, coloca tudo que for referente a cliente em uma pasta como controller, model, service e etc.